ECOTON berdiri tahun 1996 sebagai kelompok studi konversi lahan basah Program Studi Biologi di Unair dan berbadan hukum di tahun 2000 karena rasa keprihatinan terhadap permasalahan lingkungan di Jawa Timur khususnya di Kali Surabaya. Banyak sekali pencemaran sungai yang terlihat nyata namun tidak ada tindakan apa-apa. Oleh karena itu ECOTON hadir untuk menjaga lingkungan sungai agar tidak semakin tercemar.